Malta byla osídlena někdy kolem pátého tisíciletí před naším letopočtem kmenem nejistého původu pocházejícím ze Sicílie. Později na ostrov Féničané a Řekové díky kterým asi Malta získala své jméno. Údajně na ostrově byla založena kolonie Melite (med). Také je možné, že název pochází od Féničanů a jejich slova maleth, které značí přístav.
První nalezené pozůstatky po lidském osídlení byly objeveny v jeskyni Ghar Dalam na jihu největšího ostrova. Archeologické vykopávky na ostrově Gozo zbytky megalitických chrámů, které jsou nejstaršími nalezenými budovami tohoto typu na světě. Existence těchto svatyň a pohřebišť naznačuje, že Malta byla svatým ostrovem pro národy ve Středomoří.
Kolem 9. století ostrov kolonizovali Féničané, které v roce 480 před naším letopočtem vytlačili jejich příbuzní z Kartága a zůstali pak na ostrově další dvě století. Po druhé punské válce ostrov získali Římané a stal se spíše málo významnou provincií. V roce 60 našeho letopočtu na ostrově ztroskotal svatý Pavel se svatým Lukášem. Po Pavlovi je nazvána i jedna ze zátok na ostrově a Pavel byl zakladatelem křesťanství na Maltě. Po rozdělení Římské říše Malta se stala součástí Byzance, ale ten o ni nejevil větší zájem a tak přecházela z rukou do rukou, než ji v roce 870 dobyli Aghlabidové ze severní Afriky. Arabská civilizace měla velký vliv na jazyk a architekturu na ostrově až do 13. století.
V roce 1091 Araby z ostrova vytlačili Normani ze Sicílie. V roce 1283 ostrov obsadili Aragonci a po vzniku Španělského království ji později v roce 1530 španělský král věnoval Řádu svatého Jana (později známému právě podle jména ostrova jako Řád maltézských rytířů). Jedním z hlavních cílů bylo vytvořit silnou námořní základnu, jakou byl před tím ostrov Rhodos ze kterého se Turkům podařilo rytíře vypudit, která by omezila velmi nebezpečné pirátské a nájezdnické choutky tureckých vazalů ze Severní Afriky. Lodě johanitů tak zalezly Osmanům pod kůži, že se pokusili ostrov v roce 1565 dobýt, ale po několikaměsíčním obléhání museli tento pokus vzdát. O rok později Velký Mistr založil město Valletta, která se stala v roce 1577 i hlavním sídlem Řádu. V dalších letech johanité rozvíjeli ostrov, stavěli dobře opevněná města a kostely a definitivně připoutali populaci ke katolické víře.
V roce 1798 velký mistr von Hompesch kapituloval před Napoleonem, který během tažení do Egypta ostrov obsadil a Řád vypudil. Francouzi na ostrově nebyli vítaní a Malťané vyvolali povstání po pokusu o zabrání církevního majetku. O rok později ostrov obsadila Velká Británie, která ho v roce 1800 začlenila do zemí britské koruny. Mír v Amiens sice měl vrátit ostrov Johanitům, ale údajně pro odpor místního obyvatelstva Británie tuto podmínku nesplnila a v roce 1814 se Malta stala britskou kolonií, která hrála velmi důležitou roli z důvodu svého strategického položení. V roce 1843 se ustálila gramatika a písemná forma maltštiny, která byla zavedena do škol v roce 1882 a od roku 1933 se stala i oficiálním jazykem vedle angličtiny a italštiny. V roce 1887 byla vyhlášena první ústava Malty, jejíž platnost byla pozastavena v roce 1903. V roce 1921 vznikla druhá ústava (o dva roky později se poprvé hrála Maltská hymna), ale v platnosti byla jen 9 let.
Během 2. světové války ostrov byl velmi důležitou britskou námořní základnou, která mimo jiné komplikovala zásobování Rommelovy armády v Severní Africe. Z tohoto důvodu byla cílem neustálých italských a německých náletů a námořní blokády kterou se nazývá druhým velkým obležením (první je turecké z roku 1565). Veškeré snahy Osy byly ale marné a hrdinsky ubráněná Malta se později stala základnou pro invazi na Sicílii. Po ukončení války Malta získala autonomii a Malťané se začali hlásit stejně jako jiné britské kolonie i o nezávislost. V roce 1947 vstoupila v platnost třetí ústava. V roce 1962 se Stát Malta stal součástí Britského společenství národů, ale Británie měla rozhodující slovo v zahraniční a obranné politice. Plnou nezávislost získala 21. září roku 1964, vstoupila do OSN, ale britové udrželi své vojenské základny na ostrově. Ale ne moc dlouho. V roce 1967 Malta jim smlouvu vypověděla a nastoupilo několik let sporů, poslední britský voják opustil ostrov až v roce 1979. Od roku 1974 je Malta republikou a o 30 let později vstoupila do Evropské Unie.